Ulusal BacaÇöp şutunun temizliği, her katta kapaklı modülün saplama kısmında bulunan, sprey alanı geniş ve temizleme etkisi yüksek nozüller tarafından püskürtülen yıkama sıvısıyla yapılmaktadır. Bu sayede zamanla çöp şutunun içinde oluşabilecek kirlenmeler nahoş kukular giderilmiş olur. Temizlik periyodu, otomasyon panosunda bulunan switch anahtarı On konumundan Servis konuma çevirerek yapılabildiği gibi, opsiyonel olarak gerçek zamanlı program sayesinde otomatik olarak periyodik (6,9 veya 12 aylık) dönemlerde temizlik yapılabilmektedir.
